As bactérias Bacillus subtilis não são patogênicas.Eles são usados em plantas como fungicida.Também são utilizados em sementes agrícolas, como sementes de hortaliças e soja, como fungicida.As bactérias, colonizadas nos sistemas radiculares, competem com organismos fúngicos causadores de doenças.Felizmente, o uso de Bacillus subtilis como fungicida não afeta os humanos.
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